Concepute initial ca niste simple colectii cu scop didactic universitar si de cercetare, aceste structuri s-au dezvoltat treptat, începând din secolul al XIX-lea mai ales dupa crearea universitatii Franz Joseph în 1872 - , devenind de-a lungul timpului adevarate muzee, cu o valoare stiintifica si documentara deosebita. Exponatele detinute de Muzeele Botanic, Mineralogic, Zoologic si Paleontologic constituie exemple elocvente ale calitatii scolilor stiintifice clujene, ilustrând totodata cu succes evolutia si dezvoltarea acestora de-a lungul timpului. Multe dintre piesele lor sunt de altfel parte integranta a Patrimoniului National. O parte dintre esantioanele aflate la Muzeele de Mineralogie, Paleontologie, Zoologie si în Muzeul Botanic exista înca din 1859, fiind adunate si clasificate de catre membrii societatii Muzeului Ardelean (Erdélyi Muzeum).

Acestor 4 Muzee mai vechi li s-au alăturat începând din aprilie 2001 Muzeul Universităţii, structură care reconstituie prin obiecte vechi, documente şi fotografii evoluţia istorică a Universităţii - începând de la înfiinţarea colegiului iezuit din 1581 şi până la Universitatea Babeş-Bolyai de astăzi - , şi din septembrie 2001 Vivariul, o unitate inedită care găzduieşte 57 de specii de animale vii (reptile, manifere mici, pasari, pesti).