Conducerea executivă a universităţii este asigurată de Rector, asistat de nouă prorectori, un cancelar general, un director general administrativ şi de secretariatul general. Forul suprem de decizie este Senatul Universităţii, format din 140 persoane (decani, prodecani, personalităţi ale vieţii academice, cercetători, directori de colegii, reprezentanţi ai studenţilor) care se întâlneşte în sesiuni periodice şi în cadrul unor comisii permanente pentru luarea de decizii.

Consiliul Academic elaboreaza proiecte de reglementari, politici, strategii de dezvoltare ale Universitatii Babes-Bolyai; orice proiect de reglementare generala, proiect de politici si de strategii ale Universitatii Babes-Bolyai trebuie sa aiba aprobarea Consiliului Academic; asigura evaluarea internationala specializata a organizarii si functionarii Universitatii Babes-Bolyai prin intermediul IAB.

Direcţia Generală Administrativă, coordonează prin personal cu pregătire în domeniul social-economic, administrativ şi tehnic de specialitate, întreaga activitate administrativă, tehnică şi financiar-contabilă a Universităţii