Az eredetileg pusztán egyetemi oktatási és kutatási célokból használt gyűjtemények fokozatosan bővültek, különösen a XIX. század második felétől, a Ferenc József Tudományegyetem 1872. évi megalapítása után, de, mint ismert, az Erdélyi Múzem-Egyesület gyűjteménye volt. (Alapításakor az EME anyaga 15 439 könyvből, 1083 oklevélből, 128 arany, 2841 ezüst, 1738 bronzéremből, valamint 10 092 darab régészeti tárgyból, természeti ritkaságból, ásványból, kövületből, állatból és növényből állott.)

A négy régebbi múzeum mellett 2001 óta működik az Egyetemi Múzeum, amely régi tárgyakkal, dokumentumokkal és fényképekkel  követi nyomon az Egyetem történetét, illetve a kolozsvári felsőoktatás történetét  a Jezsuita Kollégium 1581-es alapításától a mai Babeş-Bolyai Tudományegyetemig. A 2001 szeptembere óta működő, egyedülálló Viváriumban 57 élő állatfajt (hüllőt, kis emlőst, madarat, halat) tekinthetnek meg a látogatók.