Az egyetem végrehajtó és vezetési feladatait a rektor látja el. A rektorhelyettesek mellett a főkancellár felel a törvényesség, szabályszerűség betartásáért, ő szokás szerint a jogi kar oktatója. A menedzsmentet a rektori hivatalnak alárendelt gazdasági igazgatóság látja el, élén a főigazgatóval. Az irodai személyzet élén a a főtitkár áll. A 2007. decemberi választások utána az egyetem rektora Andrei Marga filozófia professzor.  A magyar tagozat vezetője Magyari Tivadar, a németé Rudolf Gräff. A legfelsőbb döntéshozó, szabályalkotó szerv az egyetem 140 tagú szenátusa, melyet a dékánok, dékánhelyettesek, kari szinten megválasztott képviselők, illetve a hallgatók képviselői alkotnak. Elnöke a rektor. Az egyes karokra jutó szenátusi mandátumok számában figyelembe veszik a képviselt kar diáklétszámát, a román és magyar (esetenként a német) tagozatos oktatók arányát. A szenátus a döntéshozatal érdekében meghatározott időközönként, általában havonta, valamint állandó bizottságok keretében ül össze. Az egyetem huszonegy karát a dékánok és helyetteseik vezetik, mandátumukat a kari tanácstól kapják. A kari tanácsok egynegyedét a hallgatók megválasztott képviselői teszik ki. Azokon a karokon, ahol a román tagozattól eltérő tannyelvi tagozat van (ez rendszerint a magyar tagozat), ott a tagozatos tanárok tanácsa dönt az illető nyelvi tagozat saját ügyeiről, jellemzően és szabályok szerint az oktatásszervezés ügyeiben dönt. Az oktatókat magában foglaló alapegység a szakmai területek szerint szerveződő tanszék, élén a tanszékvezetővel.