Am Anfang ausgedacht als einfache Sammlungen mit didaktischem- und Forschungszweck, haben sich diese Einrichtungen in der Zeit entwickelt, vor Allem im 19. Jahrhundert nach der Gründung der Franz-Josephs-Universität, und wurden zu wirklichen Museen, mit einem besonderen wissenschaftlichen Wert. Die Exponate des botanischen, mineralogischen, Zoologischen und Paläontologischen Museums sind Beispiele für die Qualität der Klausenburger wissenschaftlichen Schule und heben ihre Entwicklung in der Zeit hervor. Viele dieser sind Teil des nationalen Patrimoniums und existierten schon im Jahr 1859, gesammelt und eingeordnet durch die Mitglieder des Siebenbürgischen Museumsvereins (Erdélyi Múzeum).

Zu diesen bestehenden vier Museen kamen im April 2001 die Universitätsmuseum, die durch ihre Sammlung von Gegenständen, Dokumente und Photos die historische Entwicklung der Universität schildert - von ihren Anfängen als Jesuitenkolleg im Jahr 1581 bis zur heutigen Universität Babeş-Bolyai, und im September 2001 das Vivarium hinzu - eine Sammlung die 57 Spezies lebendiger Tiere beherbergt (Reptilien, kleine Säugetiere, Vögel, Fische).